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Véritable sanctuaire de la nature, les Tsingy de Bemaraha sont considérés comme l'un des joyaux de la biodiversité de Madagascar. Ils abritent nombreuses espèces uniques au monde et assure d’importants rôles écologiques, économiques et culturels au niveau régional.

Ce complexe d’Aires Protégées (Réserve Naturelle Intégrale et Parc National) est un excellent site de recherche de par :
- les caractères géologiques très particuliers offert par le système karstique,
- les forêts denses sèches sur substrat karstique,
- la diversité des écosystèmes hors du commun,
- l’unicité des ressources naturelles et son état encore vierge dans la grande partie du complexe d’Aires Protégées,
- l’étendue de l’Aire Protégée qui abrite une multitude d’informations scientifiques à découvrir et à explorer,
- la présence de plusieurs taxons non encore identifiés et non décrits.

Cinq éléments sont classés cibles prioritaires de conservation et font l’objet de suivi écologique, de part l’exploitation anarchique de la population riveraine des ressources naturelles.

Ce sont : les forêts denses sèches, le Brookesia perarmata (CHAMALEONTIDAE), l’Uroplatus henkeli (GEKKONIDAE), l’Eulemur fulvus rufus (LEMURIDAE) et l’Erymnochelys madagascariensis (PELOMEDUSIDAE).

Le niveau de menace générale est jugé moyen.